截至2013年末，中国对马耳他非金融类直接投资存量364万美元。截至2014年12月，马耳他在中国投资项目为40个，实际投入1887万欧元。
在马主要中资机构包括：
重庆国际经济技术合作公司开办的莱悉服装有限公司。莱悉服装公司原为中国马耳他合资企业，1987年4月正式开业，总投资85万美元，中方占70%的股份。1996年8月中方收购了马耳他方面的30%股份成为独资企业。该公司主要加工生产西裤、童装、女装和便装等。2008年该厂搬迁到布利贝尔工业区，厂房面积从2000平米扩大到5700平米，部分生产设备实现更新换代，产品附加值和生产效率得到提高。
地中海中医中心。根据中马两国政府关于开展中医领域合作协议，地中海中医中心于1994年4月建立。中心是以中医针灸、推拿和培训为主要功能的地区性教学医疗实体。中马双方分别投资5.22万和3.98万美元。21年来中国卫生部向马耳他派遣了11批医疗队，为当地患者提供服务超过14万人次，中医得到越来越多当地民众的认可。2008年2月中医门诊在马耳他新落成的国立医院落户，使中医首次进入欧盟国家级医院。
清华同方威视集装箱检测设备项目。2008年3月下旬，马耳他海关以租赁形式自中国清华同方威视公司引进的集装箱检测设备在马耳他安装调试完毕。这是在中国商务部和驻马耳他使馆经商参处大力支持下，通过政府牵线搭桥为中国高新技术企业开拓海外市场的一次成功尝试。
中国石油技术开发公司投资设立的FOCUS能源有限公司。2012年7月，中国石油技术开发公司（CPTDC）在马耳他设立子公司FOCUS能源有限公司，主要业务为面向北非国家进行石油设备材料的销售、寄售、维修、租赁和服务，以及从欧洲国家采购相关设备、材料。
2014年12月，中国上海电力股份有限公司与马耳他能源部就上海电力与马耳他能源公司合作项目签署正式协议。上海电力在马耳他成立了一家控股公司上海电力马耳他控股有限公司负责项目具体执行。项目总金额约为3.2亿欧元，包括以下4个方面的内容：（1）上海电力以1亿欧元收购马耳他能源公司33.3%股权；（2）上海电力以1.5亿欧元取得马耳他能源公司下属的德利马拉三期电厂90%股权；（3）上海电力出资162.61万欧元与马耳他能源公司共同投资新设可再生能源公司，上海电力持股70%；（4）上海电力出资30万欧元与马耳他能源公司共同投资新设能源服务中心，上海电力持股30%。目前上述交易已经完成，上海电力将通过可再生能源公司及能源服务中心在马耳他及欧盟其他成员国进行太阳能等可再生能源生产，并建立区域电力服务中心，为上海电力在周边的电力项目提供服务。
